از طرف دیگر علی دایی در جریان انتخابات جنجالی سال ۸۸ به طور قاطع و صریح از رقیب انتخاباتی احمدی نژاد حمایت کرد. در آن زمان بسیاری معتقد بودند که این اقدام دایی به خاطر اخراج او از تیم ملی بوده است و دایی اصولا در مسائل سیاسی به این صراحت اظهار نظر نمیکند.