جذابترین آثار بخش دیرین انسانشناسی موزه، یک؛ جسد مومیایی شده پیرزنی ۶۵ ساله است که قدمتی ۹۰۰ ساله دارد. این مومیایی طبیعی، حوالی شهر یزد از خاک بیرون کشیده شده است. دوم؛ اسکلت زنی ۳۰ ساله است که دندانهای سالم آن، توجه بسیاری از دانشمندان و باستانشناسان جهان را به خود جلب کرده است. سوم، جمجمه دختری ۱۳ ساله است که جای جراحی بر روی آن دیده میشود. چهارم نیز به «جمجمه نامدار» موزه شناخته میشود. جمجمهای متعلق به پادشاه بهبهان که «کدین هوتران» نام داشت و در دهه ۶۰ کشف شد.